万芳医院所地是昔日万隆与芳川两矿场，万芳之名由此而来。自1989 年动工兴建，1996 年7月由台北市政府委托台北医学大学筹设经营，于1997年2月15日正式开幕服务市民，为台北市第一家公办民营的市立医院并于1998年2月通过区域医院评鉴，4月荣获市立医院经营绩效评比第一名，12月通过ISO-9002 国际质量认证。台北市第一家公办民营医院台北市政府为减少每年新台币五亿元的公务预算支出，及藉助民间机构经营效率，决定将万芳医院委托民间经营。历经多次审慎的公告招标，台北市政府同意将台北市第一家公办民营医院委托 给台北医学大学经营。于1996年7月17日正式签订委托经营合约；台北医学大学随即展开万芳医院的筹备工作，于1997年2月15日正式开幕。
经教育部认定，万芳医院在委托经营期间，视同台北医学大学附属医院。在地缘上，台北医学大学与文山区是近邻，校本部与万芳医院二者仅距离五公里 ，附设医院与万芳医院在临床教学研究、人力资源、医疗服务及其它资源之相互支持相当方便。万芳医院于民国 86 年起成为台北医学大学医学系及牙医学系见、实习医院；并可提供全校各系、所学生实习及临床研究的教学环境；同时也扩大北医的校友回母校贡献的服务机会。